Según el Diccionario geográfico, histórico y estadístico de Burgos de Pascual Madoz, Ameyugo pertenece al partido judicial de Miranda de Ebro, situado en el camino real que conduce de Madrid a Francia. En su término se encuentra la granja de Cadepajares que perteneció al monasterio de Bugedo.
Ameyugo está bañado por el río Oroncillo que llegó a mover cinco molinos harineros aunque en la actualidad solamente se conserva uno de ellos y fuera de funcionamiento. Uno de los edificios más relevantes fue la ermita de San Juan utilizada como parroquia hasta el año 1776. De este templo destacaba el ábside que fue comprado por los Estados Unidos. Este ábside presentaba las mismas características que el de Miranda. Es de estilo románico y está fechada hacia el segundo decenio del siglo XIII.
Ameyugo perteneció a la Casa de Lara. Posteriormente su propiedad fue compartida por los Velasco y los Vélez de Guevara. La torre que aún se puede ver en el pueblo perteneció a la familia Velasco y posiblemente fue levantada hacia 1480 por Isabel de Guevara. Este municipio tuvo un castillo en la cima del monte siendo fundamental para el dominio de las tierras fronterizas. Posteriormente desapareció conservándose una pequeña torre que fue utilizada como telégrafo óptico fortificado levantado durante las guerras carlistas.